2008年5月場所で問題となった「にらみ合い」2008年5月場所では、出場停止中だった2007年11月場所以来の東横綱となったが、初日に稀勢の里に敗れた。その後は連勝したが11日目にこの場所初優勝した琴欧洲に敗れ、翌日以降さらに千代大海、魁皇にも敗れて3連敗となり、優勝候補から外れた。翌日は琴光喜に勝って連敗を止めた。千秋楽では横綱白鵬に引き落としで勝ったが、この直後に負けて土俵上で四つんばいになっている白鵬を横から駄目押し、その行為に対し白鵬が立ち上がりながら朝青龍に右肩をぶつけ、両者がにらみ合う事件が起こった[8]。この事件で北の湖理事長が朝青龍と白鵬を厳重注意した[9]。

2008年7月場所では、場所前の稽古不足や右足首痛などで不安視されたが、それが的中してしまった。初日に豊ノ島に上手投げで敗れた後2日目から3連勝したが、5日目に栃乃洋に押し倒しで敗れた際に左肘を痛め6日目から途中休場。朝青龍の休場は2007年11月場所以来、途中休場は2006年5月場所以来のこととなった。

2008年9月場所では中日までに、雅山、安美錦、豊ノ島に敗北した。豊ノ島戦はテレビ映像では微妙で抗議もあった[10]が、砂に足が付いた跡が残っていたとされる[11]。

引退説まで囁かれたが、大鵬と九重理事（元千代の富士）ははいずれも「（まだやれる事を）考えるべきだ」と述べた[12]。9日目までの5勝4敗という成績を受け、この日武蔵川理事長は休場を勧告し、10日目から休場することとなった。2場所連続休場はサッカー問題で出場停止処分を受けた2007年9月場所と11月場所を除けば自身初となる[13]。武蔵川理事長は復帰後の場所で、進退がかかることを示唆し[14]、朝青龍も進退をかけることを明言した[15]。11月場所は休場。

2009年
2009年1月場所は、場所前の横綱審議委員会稽古総見では調子が良くなく、進退問題も取り沙汰される状況で臨んだが[16]、初日から14連勝と次第に調子を上げ、千秋楽では本割の一番は立ち合いを失敗して白鵬に敗れたものの、優勝決定戦では本割と一転して厳しい攻めで白鵬を寄り切りで下し、貴乃花光司を抜き歴代単独4位となる通算23回目の優勝を果たした。

場所前はマスコミは進退問題をこぞって取り上げたが、優勝後も「相撲内容は安定感を欠いた」「稽古は不十分」「力の衰えを感じさせた」とバッシングを続けている。中には「4日目までに2勝2敗、7日目までに4勝3敗だったら、引退に追い込まれていたかもしれない」（産経新聞・奥山次郎）[17]、「軍配は白鵬、動が静をわずかに上回った」（毎日新聞・武藤久）[18]とタラレバを論った批判まで存在する。2009年3月場所は、初日から9連勝と全く隙のない相撲を見せていたが、10日目に過去14勝2敗と圧倒していた日馬富士に敗れてからは自分の相撲が取れず、結局11勝4敗に終わった。場所後、日馬富士戦で肋骨骨折していたことが判明した[19]。

2009年5月場所直前、朝青龍は申請していた日本国の永住権を取得したことを明らかにしたが、今のところ親方として相撲協会に残る際に必要となる帰化は行っていない[20]。

2009年7月6日、オフィシャルブログにて夫人と離婚していたことを発表した。

2009年9月場所は、初日から14連勝。全勝優勝がかかった千秋楽で横綱白鵬に寄り切りで敗れたが、優勝決定戦ではその白鵬をすくい投げで破り、北の湖に並ぶ通算24度目の優勝を果たした。なお、この日は自身の29歳の誕生日でもあった。

2009年10月、M資金詐欺で1億2000万円を騙し取られていたことが週刊誌で報じられた[21]。

2009年11月場所は、初日から11連勝したがその後4連敗し、11勝4敗で終わった。

2010年
2010年1月場所は千秋楽前の14日目に優勝を決め2場所ぶり25度目の優勝を果たしたが、千秋楽では白鵬に寄り倒され13勝2敗の成績となった。白鵬戦は7連敗となり、横綱同士での対戦成績としては男女ノ川が双葉山に喫したワースト記録に並んだ。

引退